Per effetto della Legge che prevedeva la soppressione delle Congregazioni religiose e la confisca dei loro beni, dal 1866 il Museo archeologico “A. Salinas” occupa l’edificio che fu la Casa dei Padri della Congregazione di S. Filippo Neri, parte dell’antico complesso architettonico seicentesco dell’Olivella che comprende anche l’adiacente chiesa di S. Ignazio e l’Oratorio di S. Filippo Neri (XVI-XVII secolo). Il progetto fu opera del milanese Antonio Muttone.
Nella sua attuale configurazione il museo conserva elementi architettonici eterogenei, anche provenienti da altri complessi monumentali e qui un tempo rimontati in funzione decorativa: il portale che introduce alla biglietteria, ad esempio, è un frammento dalla chiesa palermitana di S. Maria dei Miracoli (tuttora esistente all'angolo meridionale di piazza Marina) salvato e riutilizzato dall'allora direttore del Museo Antonio Salinas.
Il risultato è un edificio che può essere considerato un vero e proprio documento storico, capace di raccontare attraverso l’architettura le varie fasi dell’arte e delle tendenze che si susseguirono a Palermo nel corso dei diversi secoli.