Um 1560 errichtete wahrscheinlich der wohlhabende Glaser Johan Houpman in der Hathumarstraße/Ecke Krämergasse ein Fachwerkhaus, das er durch Schnitzereien im Stil der Weserrenaissance verzieren ließ. Drei Friese zeigen die drei („theologischen“) Tugenden Hoffnung („spes“), Glaube („fides“) und Liebe („caritas“), den Sündenfall und die Vertreibung aus dem Paradies (unten), die Namen der vier Evangelisten (Mitte) und Grimassen schneidende Spottfiguren (oben), denn der Bauherr war wohl Protestant, der mit seiner antikatholischen Haltung nicht hinter dem Berg hielt. Sein Giebelschmuck macht das Gebäude zu einem wichtigen Zeugen der Reformation, die auch in Paderborn die Zeitgeschichte prägte.
Im 18. Jh. baute man das Adam-und-Eva-Haus im barocken Stil um. Das Dielentor wurde zur Haustür verkleinert, das Dachgiebeldreieck zum Krüppelwalm, wobei der obere Schnitzbalken verschwand und in eine Truhe umgearbeitet wurde. Die Fenster wurden symmetrisch neu geordnet.
Etwa 100 Jahre nach dem Adam-und-Eva-Haus entstand als Nachbargebäude ein weiteres Ackerbürgerhaus. 1849 wurde hier eine Schankwirtschaft eingerichtet. Lange blieb diese im Volksmund der „Erzengel“, was an die Familie Gabriel - erinnert, der diese Schänke („Zum Erzengel“) seit dem 19. Jh. Jahre führte.
Das Adam-und-Eva-Haus überstand zahlreiche Eigentümerwechsel, Stadtbrände und den Bombenkrieg 1945. Auf diese Weise blieb das nunmehr älteste noch erhaltene Bürgerhaus Paderborns stehen, doch es wurde vernachlässigt und baufällig. Nachdem es einzustürzen drohte und 1971 in Brand geriet, konnte die Stadt Paderborn das Adam-und-Eva-Haus 1972 erwerben. Es wurde grundlegend renoviert und dabei soweit wie möglich in den Originalzustand zurückversetzt. Der Schnitzbalken unter dem First kehrte auf seinen angestammten Platz zurück. Zum 1200-jährigen Stadtjubiläum zog 1977 das Museum für Stadtgeschichte ein.
Die Stadt Paderborn konnte auch das Nachbargebäude - den „Erzengel“ - ankaufen. Es wurde ebenfalls restauriert und 1979 in den Museumskomplex integriert. Während im Adam-und-Eva-Haus die Stadtgeschichte chronologisch dargestellt wurde, bot der Erzengel Raum für Wechselausstellungen und Sonderabteilungen, in denen Ereignisse und Personen der Paderborner Historie vertieft werden konnten. Im Erdgeschoss eröffnete erneut eine Gastwirtschaft.
Im Rahmen einer Neukonzeption der Paderborner Museumslandschaft wurde das Stadtmuseum im Adam-und-Eva-Haus im März 2015 geschlossen. Es öffnete neu 2017 in den modernen Räumen der bisherigen Städtischen Galerie am Abdinghof. In das Adam-und-Eva-Haus wird die Verwaltung der nahen Stadtbibliothek einziehen.
