Aizkraukles pilskalna pakājē ir pilskalnam atbilstošā Aizkraukles senpilsēta - uzkalns, saukts par baznīcas kalnu. Arī vēstures avoti apliecina senās Aizkraukles baznīcas esamību šajā vietā.
Pēc arheoloģiskajiem izrakumiem secināts, ka sākotnēji mirušie glabāti baznīcas iekšpusē, bet pietrūkstot vietai tajā, tur glabāja tikai personas ar nozīmīgu sociālo stāvokli, pārējos guldot ārpus tās sienām. Pēc vēsturnieku domām, baznīca celta 1207.gadā un pastāvēja līdz 17.gs.
Interesanti, ka baznīca tika būvēta nevis pie Viduslaiku ordeņa pils, bet līvu senpilsētā. Vēsturnieki izteikuši secinājumu, ka sākotnējā ordeņpils atradusies Aizkraukles pilskalnā un tikai 14.gs. otrajā pusē celta jauna ordeņpils pie Karīkstes upes. Par to liecina arī kāds 1420.gada dokuments, kurā minēta Aizkraukles pils un tai tuvumā esošā vecā pils.
