Isabella, oltre a dedicarsi alla ristrutturazione del castello e alle opere di fortificazione, ordinò la ristrutturazione del Palazzo della Dogana, in piazza Mercantile, che ancora oggi esibisce lo stemma con le armi di Sforza, Visconti e Aragona sopra il portale di ingresso. Isabella d’Aragona allargò i privilegi doganali a tutti i commercianti forestieri consentendo a ben trenta aziende di stabilirsi a Bari. La duchessa frenò inoltre gli illeciti amministrativi, si adoperò perché i baresi ottenessero gratuitamente il sale dalle saline regie e ridusse la pressione dei dazi. La duchessa, sulle cui orme proseguì la figlia Bona, portò a compimento diverse riforme agrarie, migliorando la vita dei contadini, e difese i cittadini baresi nelle controversie nate con le città vicine. Nel 1515, al fine di assicurare stabilità economica, cedette parte delle proprie entrate personali alla città di Bari. Istituì l’insegnamento pubblico prevedendo, tra le altre cose, aumenti di stipendio, alloggi gratuiti e un servitore per ciascun precettore.
