Synagoga Główna (nieistniejąca, u zbiegu ulic Lubelskiej i Nadstawnej) • W 1616 r. Żydzi otrzymali przywilej na wzniesienie synagogi, ale mogła ona powstać nieco wcześniej. Wybudowano ją przy południowo‑ zachodnim narożu rynku, u wylotu traktu do Krzeszowa (późniejsza ul. Nadstawna). Prawdopodobnie została zniszczona przez Kozaków Chmielnickiego w połowie XVII w. Wraz z restytucją gminy pod koniec XVII w., synagoga została odbudowana. Około 1728 r. w jej miejscu wybudowano nową synagogę. Drewniany budynek na planie kwadratu, kryty gontem, był wtedy największą synagogą na Zamojszczyźnie. Od strony zachodniej salę modlitw poprzedzał przedsionek, nad którym znajdował się babiniec. Synagoga wraz z bejt ha‑midraszem i mykwą znajdowały się na placu bożniczym, w pobliżu którego mieścił się też pierwszy cmentarz żydowski. Synagoga została całkowicie zniszczona podczas pożaru w 1867 r. W 1871 r. sporządzono projekt nowej synagogi. Jesienią 1872 r. budynek był już niemal gotowy, choć prace wykończeniowe trwały do 1875 r. Miał plan prostokąta. Do sali głównej od strony zachodniej przylegał przedsionek, nad którym znajdował się babiniec. Na ścianie wschodniej sali męskiej mieścił się bogato dekorowany aron ha‑kodesz, poprzedzony kutą bramą i schodkami. Synagoga została spalona we wrześniu 1939 r. Nie zachował się po niej żaden materialny ślad. W miejscu, w którym stała, wybudowano dom mieszkalny. W 2015 r. w pobliżu ustawiono kamienny obelisk z napisem: "W tym miejscu znajdowała się synagoga, cheder, mykwa i pierwszy z trzech biłgorajskich kirkutów. W czasie wojny zostały zbezczeszczone i spalone przez niemieckich okupantów".
Holokaust • We wrześniu 1939 r. w wyniku podpalenia miasta przez Niemców zniszczona została znaczna część dzielnicy żydowskiej. Miasto zajęli Niemcy, następnie Armia Czerwona. Po ponownym wkroczeniu Niemców do Biłgoraja z Armią Czerwoną uciekło na wschód ok. 20% mieszkających w Biłgoraju Żydów – głównie młodych socjalistów i komunistów. W czerwcu 1940 r. Niemcy utworzyli w Biłgoraju getto, do którego przesiedleni zostali także Żydzi z okolicznych miejscowości. Od grudnia 1941 r. Komitet Opieki Żydowskiej Samopomocy Społecznej pomagał osieroconym dzieciom, a także osobom pozbawionym środków do życia, deportowanym z innych miejscowości. W kwietniu 1941 r. z getta w Biłgoraju Niemcy przesiedlili do Goraja ok. 800 osób, zaś w kwietniu 1942 r. – ok. 220 deportowali do Tarnogrodu. 8 sierpnia tego roku ok. 900 osób z biłgorajskiego getta deportowali do obozu zagłady w Bełżcu. Likwidacja getta rozpoczęła się 2 listopada 1942 r. Większość Żydów z Biłgoraja, wraz z Żydami z Krzeszowa, Józefowa Biłgorajskiego i Tarnogrodu, Niemcy przepędzili na stację kolejową w Zwierzyńcu, skąd dwa dni później deportowali ich do obozu zagłady w Bełżcu. 4 listopada Niemcy zamordowali wszystkich żydowskich pacjentów Szpitala Powiatowego w Biłgoraju. W kolejnych miesiącach na cmentarzu na Piaskach (obecnie przy ul. Konopnickiej) rozstrzelali ok. 300 Żydów, którzy ukrywali się na terenie miasta i okolic. Ostatecznie getto zlikwidowano w styczniu 1943 r. Zamordowano wtedy ostatnich żydowskich robotników wraz z rodzinami. W czasie wojny Niemcy spalili biłgorajską synagogę i inne obiekty należące do gminy, zdewastowali miejscowe cmentarze.
