L’intérieur de la cathédrale est, tout comme l’extérieur, un véritable mille-feuille historique. On est tout d’abord frappé par sa monumentalité et par la longue perspective qui se déploie jusqu’au chœur. Les deux premières travées à gauche de la nef sont de style gothique, tandis que les bas-côtés datent de la Renaissance. Il faut traverser toute l’église, jusqu’au déambulatoire qui entoure le chœur pour trouver des traces de l’architecture du 12ème siècle. Observez bien les chapiteaux des colonnes qui témoignent des différentes époques de construction de l’édifice.
La chapelle de la Passion, à votre gauche en entrant abrite une belle Mise au tombeau. Cette sculpture du 16ème siècle a été attribuée à Nicolas Leprince. Les vitraux de la chapelle, qui représentent la Crucifixion et la Montée au Calvaire datent du 16ème siècle.
D’autres vitraux du bas-côté droit, datés du 19ème siècle, dépeignent deux évènements de l’histoire pontoisienne. Sur l’un d’entre eux, une longue procession sort de Saint-Maclou et se dirige vers l’église Notre-Dame : c’est le vœu de Pontoise à la Vierge pour faire cesser l’épidémie de peste de 1638. Un autre vitrail montre le vœu que fait Saint-Louis, lorsque, malade à l’abbaye de Maubuisson, il jure de partir en croisade s’il guérit.
Enfin dans le Chœur prenez le temps d'admirer les vitraux réalisés par Max Ingrand en 1955.