Distrutta la primigenia parrocchia dalla terribile eruzione del 16/17 dicembre del 1631, l'Università di Portici decise di erigerne una nuova impiantandola su un suolo già in suo possesso denominato lo Petruso.[1]
I lavori, iniziati nella primavera del 1632 sotto la guida dei "capomastri fabbricatori" Francesco Antonio Gisolfo di Napoli e Giovanni Battista Conte di Portici, durarono circa dieci anni, nei quali "si dimostrarono impegnatissimi tutti i cittadini, chi con danari, chi con oro, chi con argento e chi con le loro corporali fatiche." Nell'atto di fondazione i porticesi, per mantenere lo "Jus Patronato", si erano impegnati a spendere trecento Ducati l'anno.[2] Inoltre nel 1636 l'Università di Portici aveva fatto domanda al viceré, e aveva ottenuto il regio assenso, a erigere una dogana per esercitare l'ottenuto diritto di prelazione di una branca di ogni sacco di commestibili ed investirne il ricavato per la costruzione e l'arredo della chiesa.[3]
La nuova chiesa, inaugurata il 9 maggio 1642, era costituita da una navata centrale impostata su pianta rettangolare (i cui vertici sono ancora oggi individuabili nei quattro doppi pilastri) e si sviluppava su tre campate ottenute con due file di pilastri semplici ed archi traversi. Le navate laterali accompagnavano in sottordine questa situazione con una predisposizione a sei cappelle.[4] Per quanto riguarda gli arredi in essa vi fu subito sistemata una bella fonte battesimale, realizzata in marmo fino bianco, sulla quale venne scolpita a basso rilievo, fra fogliame ed uccelli, l'aquila con la sigla Q.P.A.[5]
La chiesa fu rifatta per ordine sovrano dall'aprile del 1853 all'aprile del 1858. Responsabile dell'andamento dei lavori l'ingegnere Stefano Coscia con la supervisione del Comm. Francesco Del Giudice e del sindaco Fortunato Grimaldi, essendo la chiesa di "jus patronato".[8] I numerosi restauri cancellarono l'originaria decorazione del Vaccaro sostituendola con stucchi più moderni che procurarono così un notevole danno artistico.[9] Fu rinnovato il pavimento, la zoccolatura, e numerosi marmi per una spesa totale di Ducati 17.139. La chiesa fu benedetta nuovamente il 16 maggio del 1858 dal Cardinale Sisto Riario Sforza.[10]
Con i lavori di restauro e decorazione esterna ed interna di tutta la basilica, effettuati tra il 1923 ed il 1928 con l'intervento dell'ingegnere Gaetano Cappa, la chiesa subì un ulteriore trasformazione. La nuova decorazione interna, che è quella che possiamo osservare ancora oggi, non ha particolare valore artistico. Il grave errore fatto nel 1858 invece si ripeté per la facciata poiché all'epoca si volle fare assumere all'edificio l'aspetto del "tempio" ed il bel prospetto vaccariano fu totalmente deturpato con l'applicazione di: tre altorilievi ritraenti scene bibliche di cui uno occupò completamente il timpano triangolare posto sulla sommità dell'edificio; timpani e modanature sui portali d'ingresso; 4 angeli; due colonne ioniche poste ai lati del portale centrale; zoccolature in marmo; una coppia di leoni bronzei posti sulla sommità della scalinata, uno per lato.[11]
Nella trasformazione esterna avvenuta nel 1972, si diede luogo all'abbattimento delle celle campanarie. Queste due strutture sono state ricostruite nel 1997, anno che ha visto anche il rifacimento totale della facciata con la scomparsa degli altorilievi dal timpano triangolare e della meridiana dal campanile destro sostituita da un secondo orologio.
Con l'ultimo restauro della facciata, completato il 5 maggio del 2012, sul campanile destro è stata ridipinta la meridiana. La statua di San Ciro, opera di Ferdinando Sperandeo, fu sistemata nel capellone ubicato in fondo alla navata destra.
A Ottobre 2017 è stata poi aggiunta l'icone della Beata Vergine Maria dell'Ascolto.