La chiesa rupestre dedicata alla Madonna delle Virtù fu realizzata intorno all'anno mille assieme all'annesso monastero che doveva ospitare il primo insediamento delle monache provenienti da Accon. Costituisce un esempio di architettura “in negativo” essendo stata interamente ricavata scavando all'interno della roccia calcarea.
La chiesa ha un impianto a tre navate separate da colonne, al fondo di ognuna di esse si apre un'abside sulla cui volta a cupola è incisa una croce. Il soffitto è a schiena d'asino decorato da arcate a bassorilievo. L'abside della navata centrale è abbellita da un complesso pittorico settecentesco di notevole valore artistico che raffigura la Crocifissione con Madonna e San Giovanni. Un’altra Crocifissione, di fattura tre-quattrocentesca e di ispirazione tardogotica, è presente sulle pareti della sezione iniziale della navata di destra.
La più invasiva modifica strutturale fu attuata nel 1934 in seguito alla realizzazione della rete viaria dei Sassi, che determinò il rimaneggiamento di una navata laterale, lo spostamento dell'accesso e l'eliminazione del collegamento interno con il sovrastante complesso di San Nicola dei Greci.
L'insediamento monastico di San Nicola dei Greci; realizzato intorno al X secolo, costituisce una delle cripte più antiche della città di Matera. Nel corso della sua storia ha subito sostanziali modifiche che rendono difficile coglierne gli elementi architettonici originari, è stato utilizzato anche come abitazione privata fino alla fine degli anni Cinquanta del secolo scorso.
La cripta è composta da due navate con altrettante absidi. L'elemento che la caratterizza è il complesso pittorico che ne decora le pareti, restaurato alla fine degli anni Settanta: il catino absidale ospita un affresco realizzato nel Trecento rappresentante la Crocifissione con ai lati la Madonna e San Giovanni Battista; nella navata di sinistra vi è invece un trittico di Santi realizzato tra il XIII e il XIV secolo, da sinistra si possono riconoscere le rappresentazioni di San Nicola, Santa Barbara e San Pantaleone, accanto vi è una realizzazione duecentesca della Madonna con Bambino che si presenta, purtroppo, in uno stato di conservazione che non permette di coglierne i particolari. A destra dell'ingresso vi sono altri due affreschi di fattura più recente che raffigurano San Pietro e Sant'Antonio.
Sia la chiesa che l'area sovrastante sono state utilizzate come luoghi di sepoltura durante il periodo medievale.
Da qualche decennio entrambi questi siti, dopo un accurato intervento di restauro promosso dal circolo culturale 'La Scaletta' nel 1967, vengono utilizzati come spazi espositivi per prestigiose mostre temporanee di scultura contemporanea.
