Il Chiostro del Noviziato (detto chiostro piccolo), a pianta rettangolare con portici di trenta arcate poggianti su pilastri di piperno, venne costruito nel XV secolo, durante i lavori di rifacimento affidati a Giovanni Francesco Mormando.
Nel 1803, la parte superiore venne modificata per ricavarne ambienti destinati ad ospitare una scuola.
Successivamente, nel 1835, quando i religiosi lasciarono la struttura, venne utilizzato per ospitare gli archivi del regno.