Het Fries Museum heeft een rijke geschiedenis van bijna 190 jaar. In 1827 werd het Fries Museum (Friesche Genootschap) opgericht door Franciscus Binkes, Hendrik Amersfoordt en Freerk Fontein. Het genootschap zou ervoor zorgen dat de Friese identiteit bewaard bleef.
Voor de bewaring van voorwerpen werd in 1853 het Provinciaal Friesch Kabinet van Oudheden opgericht. Friezen konden hier typisch Friese voorwerpen aanleveren. De spullen werden niet alleen bewaard voor het nageslacht, maar ook tentoongesteld. Eerst in het Paleis van Justitie in Leeuwarden en wegens ruimtegebrek later in een ruimte in het Stadhouderlijk Hof elders in de stad.
Ter gelegenheid van het vijftigjarig bestaan van het Fries Genootschap werd in 1877 de Historische Tentoonstelling van Friesland in Leeuwarden gehouden, de eerste volkskundige tentoonstelling in Nederland. De collectie van het Fries Kabinet vormde de basis voor de Historische Tentoonstelling. Daarnaast werd ook aan het volk gevraagd voorwerpen in te zenden.
Sinds 2013 is het gehuisvest in het eerste compleet nieuw gebouwde Nederlandse museum van de 21ste eeuw. De Friese architect Abe Bonnema gaf de aanzet voor de nieuwbouw. Bij zijn overlijden in 2001 liet hij maar liefst 18 miljoen euro na aan het Fries Museum.
Op de oude locatie voor 2013 trok het Fries Museum gemiddeld 50.000 bezoekers per jaar. Inmiddels hebben al meer als 100.000 toeristen het Fries Museum bezocht.