Tot aan het begin van deze eeuw (2004), stond op deze plek een boerenbedrijf van 40 hectare met koeien en varkens. Dit was het bedrijf van de huidige eigenaar van de jachthaven.
Toen de provincie Utrecht de bestemming van het gebied rondom zijn boerderij veranderde in recreatiegebied, moest o.a. zijn boerderij wijken voor de plannen van de provincie. Deze ontwikkeling was het begin van de bijzondere plek waar je nu staat; jachthaven Marnemoende.
De jachthaven is geopend in 2006 en is ontstaan door ontzanding van het gebied. Dit betekent dat hier eerst 250.000 m3 zand is gewonnen en daarna de jachthaven kon worden aangelegd.
Marnemoende ontleent zijn naam aan een voormalig zijriviertje van de Hollandsche IJssel, de Marne. De Marne stroomde van de Oude Rijn bij het huidige De Meern (ook vernoemd naar de Marne) naar de Hollandsche IJssel en mondde vlak bij de huidige jachthaven in de Hollandse IJssel uit. De naam van de jachthaven verwijst dus naar de monding (of moende) van de Marne.
Vanaf de brug kan je de jachthaven en het ronde, drijvende havenkantoor goed zien.