De naam Jonen wordt op twee manieren verklaard. De eerste verklaring is, dat zich hier de Franciscaner monnik Jona vestigde, die zijn celibaat schond en die trouwde met de Flagellantendochter Marcela. Het gehucht zou vervolgens naar hem zijn genoemd. Een tweede verklaring is, dat de naam van het buurtschap afkomstig is van 'Joon' met meervoud jonen, wat de benaming is voor een boei- of bakenton in het water die nog het meest gelijkt op een omgekeerde fles met een daaruit oprijzenden stok. Het was dus een drijvend tonnetje in het water met een stek erop als baken in het vaarwater of op het meer, waar de vissers hun tuig uit hadden staan. De oorsprong van het woord is tot hiertoe niet bekend. (2) 'Een, op het water drijvend tonnetje, met daaruit oprijzenden stok, dienende om, op eene rivier, een vaarwater alleen voor ligte vaartuigen geschikt aan te wijzen'. De benaming joon wordt ook gebruikt bij de beugvisscherij. De beug is een vistuig, dat in vroeger tijden werd gebruikt bij de visserij op zee. Aangezien Jonen wat verder landinwaarts ligt, zal Jonen niet op deze betekenis van Joon slaan.