У 1886 р. київський рабин Цукерман звернувся до Київської міської управи з проханням відвести місце під нове єврейське кладовище поруч зі старим на Звіринці. Але, зважаючи на те, що поруч зі старим єврейським кладовищем вільного місця було замало, Міська дума вирішила відвести дільницю за Лук’янівською дільницею, поблизу районів, де мешкала більшість київських євреїв.
Через брак коштів справа про відкриття нового єврейського кладовища тягнулася аж до 1894 р., коли єврейська громада нарешті зголосилася на асигнування потрібних сум на облаштування кладовища на Лук’янівці. Проект облаштування кладовища з потрібними спорудами (з них до сьогодні збереглася будівля колишньої контори кладовища) було складено ще 1892 р. і затверджено Київським губернським правлінням 1893 р.
Напередодні Другої Світової війни Єврейське кладовище займало площу близько 25 га. Під час нацистської окупації воно зазнало руйнації, а частину надмогильних плит було використано для побудови печей, в яких спалювали трупи людей, розстріляних у Бабиному Яру.
Поховання на цьому кладовищі подовжувалися до кінця 1940-х рр. Однак, згідно з розробленим у 1946-1947 роках генеральним проектом планування Києва, на місці всіх лук’янівських кладовищ мало бути створено паркову зону зі спорткомплексом та прокладено нові дороги. Саме тому міськрада ухвалила рішення про закриття кладовища і перенесення поховань на Куренівське єврейське кладовище. Остаточно Лук’янівське єврейське кладовище було ліквідовано у 1962 році. У наступні десятиріччя значну частину території кладовища було забудовано, надгробки знищено.
На початку існування цей великий некрополь займав площу понад 25 га. Тут були поховані десятки тисяч євреїв. Серед поховань був доволі помітним сімейний склеп знаменитих цукрозаводчиків та меценатів Києва Бродських. Тут же покоїлися лідери київських сіоністів — Макс Мандельштам, Бер Борохов, кілька єврейських праведників - цадиків, головний рабин Києва Нухим Вайсблат.
У 1983 році на території Лук'янівського єврейського кладовища споруджено новий телевізійний центр, на місці караїмського кладовища діє спортивний комплекс. Від величезної кількості поховань залишилося кілька могил неподалік від пам'ятника «Менора».
Зараз згідно з розпорядженням Кабінету Міністрів України «Про затвердження плану заходів у зв'язку з 75-ю річницею трагедії Бабиного Яру» приміщення на вул. Мельникова, 44 передано Національному історико-меморіальному заповіднику «Бабин Яр» для створення Меморіального музею пам'яті жертв трагедії.
