A veces, durante la formación de un volcán, la lava va subiendo hasta irse acumulando en la superficie en forma de cono. En Alchichica este proceso se vio alterado porque en su camino encontró agua subterránea y exploto como aceite y agua lo hacen. Este evento abrupto hace que colapse la superficie y quede expuesto el conducto por donde vino el material incandescente. Una vez enfriado, queda un hoyo que es rellenado por el agua subterránea que naturalmente aquí escurre, formando un lago dentro de un cráter volcánico.
Normalmente un lago se considera de agua “dulce” porque es un cuerpo de agua desligado del agua salina de los océanos, sin embargo, Alchichica es más salado que los mares. Esto se debe a que en Alchichica las sales de magnesio, carbonatos y bicarbonatos son proporcionalmente más elevados que en el mar; además, destaca la presencia de boratos en sus aguas. La composición química del
agua con una elevada alcalinidad se refleja en un pH con valores entre 8.8-8.9, lo cual caracteriza a las aguas como alcalino sódicas. Esta composición química de las aguas de Alchichica es producto de la combinación de las aguas ricas en sodio procedente de los materiales volcánicos (el magma), los bicarbonatos que derivan de las rocas calizas marinas y el efecto de concentración y saturación que conlleva la elevada evaporación presente en esta región semidesértica.
