Fukuoka ideó una forma de cultivo a la que llamó "agricultura natural", que no sólo configuró filosóficamente, sino que también practicó a través del llamado método Fukuoka. Este método personal traspasó las fronteras del Japón y terminó configurando una referencia dentro de la agricultura natural en el mundo y también de la permacultura.
El método de Fukuoka persigue reproducir las condiciones naturales tan fielmente como sea posible. Sus practicantes afirman que el suelo se enriquece progresivamente y la calidad de los alimentos cultivados aumenta,y todo ello sin esfuerzo.
Principios de trabajo:
No arar, de esta forma se mantiene la estructura y composición del suelo con sus características óptimas de humedad y micronutrientes.
No usar abonos ni fertilizantes: mediante la interacción de los diferentes elementos botánicos, animales y minerales del suelo, la fertilidad del terreno de cultivo se regenera como en un ecosistema no perturbado.
No eliminar malas hierbas ni usar pesticidas: estos destruyen los microorganismos del suelo. Fukuoka propone una interacción entre plantas que enriquece y controla la biodiversidad de un suelo. La presencia de insectos puede equilibrarse en un cultivo.
No podar: dejar a las plantas seguir su curso natural.
Sembrar mediante bolas de arcilla llamadas Nendo Dango.
Estos radicales principios de trabajo se basan en la filosofía Wu Wei, no hacer o más exactamente no intervenir o forzar las cosas.