É considerado um dos melhores museus do Chile, pelo valor de sua amostra e o conceito museógrafo geral que exibe.
Sua coleção é composta de mais de 5.000 peças em exposição permanente, de diversas origens, mas escolhidos com critérios estéticos cuidadosos.
A exposição vai além da ordem cronológica ou espacial, apresentando em cada vitrine diferentes culturas segundo as características estéticas ou antropológicas comuns, como xamanismo, máscaras ou música.
Junto com sua exposição de peças inestimáveis de culturas americanas, o museu conta com uma loja de souvenires, biblioteca especializada, lanchonete, visitas guiadas bilingues, salas de exposições temporárias e exposições itinerantes que trazem cultura e história para a sociedade.
A origem do museu está na coleção pessoal de seu fundador, Sergio Larraín Garcia-Moreno, arquiteto chileno que por 50 anos se dedicou a recolher vários objetos de culturas pré-colombinas. Para proteger a integridade da coleção foi criada a Fundação Família Larraín Echenhique, que através de um acordo com a Câmara Municipal de Santiago gerou o Museu Chileno de Arte Pré-colombina, iniciativa pioneira na América Latina.
Hoje, o museu funciona em uma das edificações mais importantes da colônia. De estilo neoclássico, foi construído em 1805 para abrigar o Palácio da Alfandega Real durante a administração colonial.
Localizado a um quarteirão da Praça de Armas, o lugar onde este edifício está localizado sempre ocupou um importante na história de Santiago e do país em geral.
Este edifício foi construído segundo o projeto do arquiteto italiano Joaquín Toesca. Durante a República foi ocupado pela Biblioteca Nacional, e a partir de 1845, tornou-se a sede dos Tribunais de Justiça, até que em 1968 um incêndio destruiu suas instalações e arquivos.
Após sucessivas obras de recuperação, o museu foi inaugurado em 10 de dezembro de 1981. O Município de Santiago contribuiu com a propriedade, e se encarregou da restauração e das reformas necessárias para abrigar a exposição.
A coleção que se exibe é caracterizada pelo critério eminentemente estético pelo qual foram escolhidas suas peças. Destaca a exposição "Arte na América Pré-colombina", que abrange cerca de 10.000 anos de história americana e uma centena de culturas.
Os objetos vêm de diferentes áreas culturais americanas e, embora a maioria delas formaram parte de oferendas funerárias de indivíduos de alta posição social, refletem vários aspectos da vida cotidiana dessas culturas.
