Muzeul de Istorie din Creta a fost fondat în 1953 de către Societatea de Studii Istorice Cretane. Pentru adăpostirea Muzeului, clădirea catalogată neoclasică, Casa Andreou și Maria Kalokairinou (1903) a fost acordată de Fundațiile A. & M. Kalokairinou.
Scopul EKIM, care a fondat și administrează Muzeul de Istorie al Cretei, a fost și este de a conserva și promova moștenirea culturală a Cretei de la începutul timpurilor bizantine până în epoca modernă. Acest obiectiv a fost atins treptat, cu colectări, achiziții și donații de obiecte, precum și cu depunerea de obiecte de către Ministerul Culturii.
Muzeul de Istorie a emanat încă de la început un spirit de pionier. Extinderile succesive ale Muzeului și recentele reexpoziții cu concepte muzeologice moderne și aplicații electronice au contribuit la crearea unui Muzeu viu, prietenos cu vizitatorul, cu date moderne.
Astăzi, Muzeul oferă o imagine complexă a istoriei și artei Cretei de la primele vremuri creștine până în secolul al XX-lea. Expozițiile periodice acoperă un spectru larg, de la arta bizantină la arta modernă, evidențiind personajele literare de prim rang ale Greciei (Elytis, Kazantzakis), prezentarea unor evenimente istorice majore de la sfârșitul secolului al XIX-lea până la al doilea război mondial.
În consecință, programele educaționale constant îmbogățite, oferite gratuit, sunt o sursă creativă de învățare în raport cu Colecțiile Permanente și Expozițiile periodice ale Muzeului. Prelegeri, simpozioane științifice, proiecții de filme și prezentări de cărți desfășurate în Amfiteatrul IMC completează funcția acestuia, făcându-l o organizație culturală extrovertită, cu mai multe fațete.
Clădirea neoclasică protejată, care este cea mai veche aripă a Muzeului de Istorie din Creta, a fost construită în 1903 ca locuință a lui Andreas Lysimachos Kalokairinos, proiectată de arhitectul Konstantinos Tsantirakis. Picturile de tavan cu reprezentări ale Iliadei și Odiseei sunt opera lui Ant. Stefanopoulou, „decorator al casei Kellenek din Atena”.
În exact aceeași locație, a existat încă din 1870 o casă a familiei Kalokairinos, opera arhitectului Lysandros Kavtantzoglou, care a fost incendiată în timpul evenimentelor din 25 august 1898. Lysimachos A. Kalokairinos și alți membri ai familiei au fost printre victime.
În anii 1970, Muzeul de Istorie din Creta, după ce un teren a fost donat de Andreas G. Kalokairinos și cu finanțare de la Fundația A. & M. Kalokairinos, s-a extins cu construirea unei noi aripi, proiect care îmbină modernul și neoclasicul în arhitectură. Această aripă a fost finalizată la începutul anilor 1990 cu adăugarea unui etaj și a fost finalizată în mai 2004 cu amenajarea sălilor de expoziții periodice și a „Amfiteatrului Yiannis Percelakis” (cu finanțare de la Fundațiile A. & M. Kalokairinos și prin co- programele finanțate ale Uniunii Europene).
Astăzi, suprafața totală de expoziție acoperită a Muzeului este de 1.500 mp. distribuite în 25 de spații, acoperind șaptesprezece secole de istorie. Muzeul are și o bibliotecă, un magazin și o cafenea.
