La Cueva de San Miguel es el nombre dado a una red de túneles de piedra caliza localizado en la Parte Alta del Peñón de la Reserva Natural. A una altura de más de 300 metros (980ft) sobre el nivel del mar. Según Alonso Hernández del Portillo, el primer historiador de Gibraltar, su nombre se deriva de una gruta similar en Monte Gargano cerca del Santuario de San Ángelo en Apulia, Italia, donde se dice que el arcángel Miguel apareció.