A Ovest del Teatro è situato l' Asclepieion, ovvero il santuario di Asclepio, figlio di Apollo e dio della medicina.L edificio che doveva essere di grandi dimensioni e situata intorno ad un grande cortile quadrato con intorno dei ambienti dove si recavano i fedeli da tutte le parti rese Butrinto molto famosa e la citta fu venerata per tutta la sua esistenza.
Questo santuario, che ha restituito un abbondante stipe votiva, sembra risalire all'età di Piro (III secolo a.C.) e inizia a prosperare solo dopo il 167 a.C. sotto la Repubblica Romana.