Inaugurato nel 2001, il Museo Ebraico di Salonicco è ospitato in un edificio di proprietà della comunità, ristrutturato nel 1997 dall'Organizzazione della Capitale Culturale d'Europa "Salonicco 1997". Lo scopo e il ruolo del museo è quello di presentare la lunga storia degli ebrei di Salonicco, i loro costumi, la loro vita quotidiana e la loro attività professionale. Un'importante collezione è quella di lapidi del cimitero distrutto e di elementi architettonici delle sinagoghe demolite dai nazisti. Datato 1904, l'edificio è uno dei rari scampati al grande incendio del 1917. Un tempo si chiamava "Cedid Han" e ospitava la Banca di Atene e la sede de "L'Indépendent", una rivista ebraica pubblicata in lingua francese dal 1909 al 1941. La storia della popolazione ebraica di Salonicco inizia intorno al 140 a.C., quando alcuni ebrei arrivarono da Alessandria, una città portuale dell'Egitto. Tuttavia, alcuni ricercatori ritengono che già nel 315 a.C., anno di fondazione di Salonicco, una piccola comunità si fosse insediata qui. Flavio Giuseppe, storico ebreo del I secolo d.C., fa riferimento all'esistenza di una comunità ebraica in Macedonia. Nel 50 d.C. l'apostolo Paolo giunse in città e predicò, così si racconta, nella sinagoga Ets Al Haim, presumibilmente situata vicino al porto, per tre sabati consecutivi. Durante l'epoca romana, gli ebrei, i cosiddetti Romaniotes in quanto ellenizzati e parlanti la lingua greca, avevano acquisito una certa autonomia, formando una comunità coerente che cresceva e si espandeva continuamente in diverse zone della città. Durante il periodo bizantino, Salonicco era una città ricca e un vero e proprio crocevia culturale. La politica degli imperatori bizantini di convertire al cristianesimo le diverse comunità dei loro territori portò alla creazione di legislazioni antiebraiche. L'imperatore Giustiniano I caratterizzò gli ebrei come cittadini di seconda classe e vietò la recita della preghiera quotidiana (Shema). Altri governanti bizantini, come Vassilios I il Macedone e Leone VI il Saggio, obbligarono gli ebrei a battezzarsi o ad abbandonare la città. Negli anni successivi, le condizioni di vita della comunità non cambiarono. Nel 1169, il viaggiatore Beniamino di Tudela visitò Salonicco e citò nel suo libro di viaggi una comunità prospera, impegnata nel commercio e nell'industria della seta, che contava 500 cittadini, menzionando anche Rabin Samuel come capo della comunità. Nel corso del XIII secolo e fino alla fine del XIV, gli ebrei provenienti da altri Paesi europei immigrarono a Salonicco. Durante i sette anni di dominio veneziano, dal 1423 al 1430, le pesanti tasse imposte alla comunità costrinsero molti ebrei a lasciare la città.
