围绕这条不寻常的河流名称的争议仍在继续。18世纪的研究人员认为“托木”来源于克特语的“托木”——“河流”的意思。“托木”一词也有盲症的意思。当代作家们声称“托木”来源于克特语的“都玛”——译为“黑暗、黑色”。此外，“托木”在突厥-蒙古语中被解释为“大的，主要的”。
在托木斯克，有一个关于鞑靼美女的传说，她叫托玛。这条河便以她的名字命名。这个传说讲的是在俄罗斯人到来很久之前就居住在托木斯克附近的鞑靼人的故事。当时，托扬-尤什塔氏族被认为是最强的。在巴桑代卡河上，更往南的地方，有另一位大公巴桑代的领地。托扬有一个儿子乌沙伊，而巴桑代有一个漂亮的女儿托玛。父亲梦想将女儿嫁给一位伟大的西伯利亚可汗，但他的计划注定无法实现。托玛和乌沙伊相识并相爱了。得知此事后，巴桑代怒气冲冲地赶走了乌沙伊。美丽的托玛悲痛欲绝地跳入河中，在这之后乌沙伊也跳下了悬崖。从那时起，人们便将河流称为托木河和乌沙伊卡河。这个关于西伯利亚罗密欧与朱丽叶的悲惨传说在托木斯克广为人知，乌沙伊卡河自东向西流经整个城市，将其水域与托木河连接起来。
