La Universidad de Pekín fue fundada en 1898 y tuvo como primer nombre la Universidad Imperial de Pekín. Fue la primera universidad nacional integral y el órgano administrativo más alto para la educación en China. En 1912, la universidad adoptó su nombre actual. Cinco años después, cuando el Sr. Cai Yuanpei, un destacado erudito y educador, fue nombrado rector, logró transformarla de una escuela imperial a una universidad moderna.
Durante la guerra anti-japonesa en la década de 1930, la Universidad de Pekín se mudó a Kunming, una ciudad en el suroeste de China, y se formó la Universidad Nacional Asociada del Suroeste junto con la Universidad de Tsinghua y la Universidad de Nankai. En 1946, después de la victoria en la guerra, regresó a Pekín.
El gobierno chino llevó a cabo un reajuste a nivel nacional de colegios y universidades en 1952; después, la Universidad de Pekín se convirtió en una universidad con departamentos de artes liberales y ciencias. En 1962, la universidad se mudó a su campus actual, que había sido el campus de la Universidad de Yanjing.
Desde finales de la década de 1970, la Universidad de Pekín ha experimentado un desarrollo sin precedentes, tanto en tamaño como en calidad. En 2000, la antigua Universidad Médica de Pekín se incorporó a la Universidad de Pekín, que ahora es una universidad totalmente integral con múltiples disciplinas. Para los estudiantes nacionales y extranjeros, ofrece una amplia gama de programas de grado, máster y doctorado.
