Fu costruito nel 1521 dall'architetto G. Battista Caporali su commissione del cardinale Silvio Passerini, il cui stemma troneggia sulla chiave dell'arco del portale d'ingresso. La villa deve il suo nome alle fonti (Fontecumola) qui presenti un tempo di cui solo una è ancora attiva e sgorga nei sotterranei della villa, raccolta in due grandi vasche. E’ una residenza signorile fortificata con un’alta torre, circondata da un muro di cinta, a cui si accede attraverso un viale alberato che porta ad un grande giardino terrazzato con merlature a coda di rondine; elemento di pregio è la grande vasca posta su uno dei terrazzamenti del giardino. Il complesso ha un valore architettonico/urbanistico e paesistico eccezionale, vi si ammirano pitture di Luca Signorelli nella cappella gentilizia e di F. Bernabei, detto il Papacello, ritenuto uno dei suoi più prestigiosi allievi, che ha affrescato il salone d'onore con scene della storia romana tra le quali sono da notare la battaglia del Trasimeno, la morte di Marco Curzio, il Laocoonte ed altre. Il Palazzo è oggi, in parte, di proprietà della Scuola Normale di Pisa che vi organizza importanti Convegni di Studio.
