Ботаническая коллекция музея насчитывает 2565 единиц хранения.Основу коллекции составляют общие систематические гербарии (водная растительность, лишайники, мхи, высшая растительность).
Растения-эндемики. В этот гербарий входят образцы редких растений, произрастающих только на Кольском полуострове (одуванчик белоязычковый, мак хибинский, солнцецвет арктический и др.) либо только на территории Фенноскандии (северная часть Скандинавского полуострова, Финляндии, Карелии и Мурманская область).
