Церковное здание стояло напротив Борисоглебского переулка, который получил своё название по этой церкви. По легенде, первая деревянная Борисоглебская церковь была построена здесь ещё Борисом Годуновым. Достоверно подтверждено существование церкви на этом месте в начале XVII века.
По постановлению Моссовета была закрыта в 1933 г., разрушена в 1936 г. На ее месте в 1937-1946 гг., выстроили здание Государственного музыкально-педагогического института им. Гнесиных (архитекторы А.В. Тшин и Е.С. Гоголев; с 1992 г. Российская академия музыки им. Гнесиных). В 2007 г. на месте разрушенной церкви была установлена памятная доска (на стене концертного зала Академии со стороны Хлебного пер.)
Здание церкви было одним из пушкинских мемориалов - в 1830 г. поэт присутствовал в этой церкви на венчании своего друга С.Д. Киселева в качестве его поручителя.
Не раз посещали эту церковь М.И. Цветаева и ее дочь Ариадна. В цветаевских записных книжках и "Повести о Сонечке" особо отмечен их совместный приход туда с актером В. В. Алексеевым на Светлую Пасхальную Заутреню 1919 г.:
«Церковь Бориса и Глеба: наша. Круглая и белая, как просфора. Перед этой церковью, как раз в часы службы, целую зиму учат солдат. Внутри - служат, а снаружи - маршируют: тоже служат. Но сейчас солдаты спят.
Входим в теплое людное многосвечное сияние и слияние. Поют женские голоса, тонко поют, всем желанием и всей немощью, тяжело слушать - так тонко, где тонко, там и рвется, совсем на волоске - поют, - совсем как тот профессор: У меня на голове один волос, но зато - густой... Господи, прости меня! Господи, прости меня! Господи, прости меня!.. Этого батюшку я знаю: он недавно служил с патриархом, который приехал на храмовый праздник - в черной карете, сияющий, слабый... И Аля первая подбежала к нему, и просто поцеловала ему руку, и он ее благословил...»
Как писала А.С. Эфрон в своих воспоминаниях, именно с Борисоглебской церкви началось прощание Цветаевой с Москвой при их отъезде за рубеж в 1922 г.:
"Когда проезжали белую церкову Бориса и Глеба, Марина сказала: "Перекрестись, Аля!" - и перекрестилась сама. Так и крестилась всю дорогу на каждую церковь, прощаясь с Москвой".
