В 1741 году при Алатырском Свято-Троицком мужском монастыре на пожертвования купца Ильи Богороцкого было открыто училище, в котором обучались дети священнослужителей.
Однако в 1775 году училище сгорело и было перенесено в другое здание монастыря. А через 10 лет началось строительство училища. Новые помещения располагались за пределами монастыря. В 1881 году был возведён учебный корпус и общежитие.
К началу ХХ века Алатырское духовное училище было одним из крупнейших в Симбирской губернии, при нём располагалась и больница. Однако 9 мая 1905 года во время очередного пожара была уничтожена часть постройки учебного заведения. С августа 1905 года начались ремонтные работы. Но случается очередной пожар. Руководство училища было вынуждено обратиться к Свято-Троицкому монастырю с просьбой о временном предоставлении монастырских помещений. Так учебное заведение вновь оказалось на монастырской территории. Учебное заведение просуществовало до 1918 года.