Останки первых иркутян были обнаружены археологами при исследовании состояния фундаментов храма у его северной, восточной и южной стен. Работы проводились с 2007 по 2011 год. Всего были подняты останки 400 человек – мужчин, женщин и детей. Они датируются началом XVIII века (в некоторых случаях – концом XVII века). Здесь же обнаружены фрагменты одежды, украшений, нательных крестов. Исследователи московского Института этнологии и антропологии им. Н. Н. Миклухо-Маклая РАН воспроизвели реальные обличия первых иркутских поселенцев, применив сложнейшие методики и технологии. Результатом их трудов стал графический альбом «Лица первых иркутян», выпущенный в 2011 году. Памятный знак в виде крипты был сооружен по проекту иркутского архитектора Константина Яковлева в 2011 году. Возведение такой часовни («сени») над святыми источниками и захоронениями святых около храмов является традиционным для русской архитектуры. Под часовней находится специальный бункер с полками, на которых расположены 900 ковчежцев с останками иркутян. Они были обнаружены не только у Спасской церкви, но и на приходских кладбищах у Князе-Владимирской и Крестовоздвиженской церквей. Эти древние кости были извлечены из земли в 1985–1986 годах во время раскопок и хранились в запасниках Иркутского областного краеведческого музея. Внутри часовни установлен поминальный гранитный камень, на котором высечен силуэт Иркутского острога и выбита надпись «Основателям города Иркутска от благодарных потомков». Автор памятного знака – скульптор Илья Ставский. Кованые части мемориала изготовила организация ООО «ЭлитМеталл-Дизайн». Памятный знак установлен к 350-летию Иркутска в сентябре 2011 года. Его освятил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, визит которого был приурочен к юбилею города. Коллектив авторов крипты был удостоен премии губернатора Иркутской области за 2011 год.
