В 1820-х годах в Мензелинском уезде Уфимской губернии образовалась небольшая община келейниц-черничек. В 1825 году старшая из мирских сестёр – дочь казака Степанида Шешминцева обратилась к преосвященному Амвросию с просьбой принять их под своё покровительство и ходатайствовать пред высшею властью об учреждении в Уфе женского монастыря при Успенской церкви.
По просьбе настоятельницы – игуменьи Филареты в 1832 году епископом Михаилом в Уфу из Мензелинского уезда была переведена Бетькинская община и находилась под этим названием близ церкви святого Сергия Радонежского Чудотворца.
В 1838 году Бетькинская община была переименована в Благовещенский женский монастырь. Обитель стала получать средства из казны, а в 1845 году ей отвели луга за рекой Уфой. Монастырь управлялся игуменьей. Поступающие сюда в среднем возрасте, не подвергаясь обряду пострижения, должны были беспрекословно слушаться её решений. Жизнь в обители обязывала ежедневное молитвословие, самоотверженное отчуждение от всего, что существовало вне стен монастыря.
Благовещенский монастырь располагался на берегу реки Белой недалеко от того места, где в неё впадает речка Сутолока. Вместе с увеличением числа сестёр росло благосостояние обители: её обнесли с трёх сторон каменной оградой высотою в 4,5 аршина (примерно 3 м 20 см), а с западной стороны (ближе к берегу Сутолоки) – деревянной – «из-за невозможности устройства каменной по крутому спуску».
В монастыре были построена тёплая каменная церковь «во имя Святого благоверного князя Александра Невского с приделом во имя Пресвятой Богородицы всех скорбящих радости», её освятили в 1852 году. Второй и главной монастырской церковью стала пятиглавая полукаменная во имя Благовещения Богородицы, построенная на средства помещицы Степановой. Она была холодной, служба в ней велась только летом. Кроме того, обители принадлежала ветхая деревянная церковь с отдельной колокольней.
Обитель жила за счёт труда сестёр (мирянок, послушниц, инокинь и монахинь), занимавшихся различным ремеслом: шитьём золотом, серебром, жемчугом, синелью, в приготовлении церковных облачений и других изделий.
«Епархиальные ведомости» сообщали: «От 15-го сентября 1878 года за № 2859 о воспоследовавшем в 8 день июля того же 1878 года Высочайшем соизволении на дозволение настоятельнице Уфимского Благовещенского монастыря игумении Евпраксии принять и носить золотой наперсный (т.е. нагрудный) крест с украшениями, поднесенный ей обществом начальствующих и граждан города Уфы в знак особого уважения их к ее высоким нравственным качествам».
В 1897 году была освящена третья монастырская церковь в честь иконы Иверской Божией Матери.
Благовещенский монастырь являлся одним из главных архитектурных комплексов старой части Уфы и был хорошо виден из-за реки. Авторов проектов монастырских корпусов и церквей за давностью лет вряд ли можно установить, возможно, в отдельных были использованы и типовые (образцовые, по тогдашней терминологии) проекты.
После гражданской войны монастырь прекратил свою деятельность: в 1929 году были закрыты Иверская и Александровская церкви, а в 1930-м полностью снесли пятиглавую Благовещенскую. В помещения был переведён центральный аптечный склад, который размещался там до 1990-х гг. В одном из корпусов была устроена баня, в другом работала средняя школа. До 1970-х сохранялась часть монастырской стены вдоль улицы Большой Усольской (Сочинской).
Некоторые монастырские корпуса были разрушены, часть в конце 1960-х – начале 1970-х гг. пострадали от оползня и были разобраны. Ныне сохранилось лишь четыре здания: Иверская и Александровская церкви, церковно-приходская школа (до недавнего времени поликлиника № 46), жилой дом и государственные учреждения. В конце прошлого века многие постройки бывшего монастыря были возвращены Уфимской епархии.