Начало истории Самарского областного историко-краеведческого музея было положено 29 января 1880 года, когда на заседании Самарской городской думы (далее СГД) член Подготовительной комиссии Пётр Владимирович Алабин прочитал доклад, в котором комиссия признала «за лучшее соорудить приличное здание для существующей уже в Самаре библиотеки и в том же здании устроить публичный музей, который имел бы средством изучения Самарского края в отношении естественном, сельскохозяйственном, техническом и историческом»[1]. Пётр Алабин вынес на обсуждение СГД составленный им «проект устройства здания для публичной библиотеки и музея, устройства и хранения музея». 2 августа 1886 года на рассмотрение СГД был представлен доклад Самарской городской управы с проектом устройства публичного музея. В нём были определены задачи, направления деятельности музея, его устройство и система административного руководства. Автором проекта был П. В. Алабин. Устраиваемое учреждение имело свою выставку и печать «Самарский публичный музей» и находилось в ведении Попечительского Комитета Александровской публичной библиотеки. Наконец, 13 ноября 1886 года СГД постановила: доклад принять и разрешить приём предметов для музея[2]. В это время была начата работа по сбору фондов музея через обращения к частным лицам, учреждениям, ученым обществам. Среди «доброхотных» поступлений в музей: альбом фотоснимков солнечного затмения 1887 г. фотохудожника Васильева в г. Самаре; альбом фотопортретов гласных Самарской городской думы со времени введения городового положения; образцы добываемой соли и коллекция изделий из неё (гиря, пароход и др.); образцы нефти и всех продуктов из неё; образцы продуктов сахара и рафинада (сахарная голова). Музейные предметы строго систематизировались и каждый снабжался подробным объяснительным ярлыком[1].
После смерти Алабина в 1896 году Самарская Городская библиотека и Самарский Городской музей переведены в новое здание, приобретенное СГД — дом Ушаковой, где размещалось Благородное собрание, на улице Дворянской, 145 (сейчас Куйбышева, 113). После окончания работ по расстановке коллекций Самарского публичного музея и Зала императора Александра II 24 мая 1898 года, после молебна, эти учреждения были открыты. Музей занимал две комнаты и имел право в общем зале с библиотекой помещать картины художников.
С 1901 года заведующим Самарским городским музеем являлся Сергей Ефремович Пермяков. Музей имел семь отделов: археологии и истории края, этнографии, промыслов (сельское хозяйство, кустарные промыслы), зоологии, ботаники, геологии и минералогии, отдел художеств. При Пермякове было положено начало собиранию гербария Самарской флоры. В отчёте о работе музея в 1901 г. выражена благодарность «за работу на пользу музея самарским жителям, отдавшим бескорыстно своё время и труд на систематизацию имевшегося в музее материала и прилив в музей пожертвований, среди которых немало интересных предметов»[1]. При Самарском городском музее был организован Музейный кружок (1915 год), на основе которого впоследствии было создано Археологическое общество (1916 год).
С марта по октябрь 1917 года Директором музея был Константин Павлович Головкин. После февральской буржуазно-демократической революции Зал императора Александра II закрыт и в нём организован отдел «Война и русская революция». С октября 1917 года музеем руководила Комиссия по заведованию Самарским городским музеем. В первые послереволюционные годы фонды музея активно пополнялись: были организованы поездки в Пугачевский уезд по спасению разгромленных и разграбленных ценностей Никольского и Спасо-Преображенского монастырей, библиотеки и архива в имении Протопопова в селе Духовницкое; в музей поступали художественные, естественно-исторические коллекции из разных реформированных учреждений (Самарский университет и др.).