В VIII-IX веках на земли Готии надвигается новая угроза с востока. Хазарский каганат, утвердив свое влияние на Волге и Дону, стремится закрепиться в Крыму. Вероятно, именно с этим тревожным периодом связаны разрушения крепостных стен и базилики на Бакле. В материальной культуре поселения всё чаще появляются хазарские элементы: особая керамика, "ёлочная" кладка стен и характерные украшения.
Интересно, что хазары продолжали считать крымские поселения своими владениями и после того, как потеряли контроль над полуостровом. Так, в письме последнего правителя Хазарии Иосифа бен Аарона сановнику Кордовского халифата, написанном около 1070 г., упоминается хазарский город Альма - возможно Баклинское городище, ведь других крупных поселений на реке Альма того периода не известно.
Несмотря на хазарское влияние, местные жители сохраняли христианство. Свидетельства тому - руины церквей на Церковном мысу и у подножия Баклы, построенных в этот непростой период. В 40-х годах IX века, после ослабления Хазарии, Византия возвращает контроль над регионом и Баклой. На месте старой базилики возводят новую церковь, а у подножия мыса строят внушительный крестообразный храм.
В дальнейшем, благодаря удачному расположению на торговом пути из степей в Херсонес, в X-XIII веках Бакла превращается в процветающий городок с ремесленными кварталами и окрестными сёлами. Соседство с печенегами, а затем половцами было в целом мирным - степняки были заинтересованы в торговле.
После монгольского завоевания 1239 года Крым вошёл в состав Улуса Джучи как важная провинция, соединявшая степные кочевья с средиземноморской торговлей. Первое время жители Баклы сохраняли автономию, ограничиваясь выплатой дани. Однако политические распри в Орде не обошли Таврику стороной. В борьбе за власть и попытке вернуть под контроль прибыльную черноморскую торговлю темник Ногай, фактически правивший западными улусами Золотой Орды, устроил карательный поход в Крым против непокорных городов. Разрушения и следы пожаров конца XIII века на Бакле исследователи связывают именно с этим событием. После разорения городу не удалось оправиться, как и вернуть прежнее значение.
