Собор Богоявления в свое время являлся кафедральным собором Иркутской епархии. В 1693 году за восточной стеной Иркутского кремля был выстроен деревянный собор, который сгорел во время пожара 1716 года. Спустя два года было решено восстановить церковь в каменном исполнении. Пожертвования на ее строительство делали горожане и гости Иркутска. Через шесть лет после закладки первого камня был построен Петропавловский придел во имя святых апостолов Петра и Павла. В 1729 году было завершено строительство колокольни и освящен придел во имя Иоанна Воина. Во время большого Южно-Байкальского землетрясения 27 июня 1742 года сломался крест на одной из малых глав собора и обрушился каменный шатер колокольни, вместо которого в дальнейшем был сделан деревянный купол со шпилем. Торжественное освящение Богоявленского собора состоялось 25 сентября 1746 года. В 1755 году было начато строительство каменной ограды вокруг храма. В 1771 году в соборе был похоронен святитель Софроний Иркутский. В 1797 году под руководством мастера Алексея Унжакова был отлит колокол весом 12 тонн. Это был самый большой колокол в городе. Для него в 1815 году была выстроена отдельно стоящая четырехъярусная колокольня. После Октябрьской революции собор Богоявления был закрыт для верующих. В его здании разместился кондитерский цех хлебозавода. Для производственных нужд завода храм неоднократно подвергался изменениям. Четверик соборного здания был разделен на несколько этажей под общежитие. В 1968 году печи хлебозавода были ликвидированы, началась реставрация собора по проекту и под руководством московского архитектора Галины Оранской. Работа продолжалась 18 лет. После реставрации в соборе разместился один из отделов Иркутского областного краеведческого музея. В 1994 году состоялась передача собора Богоявления Иркутской епархии. С этого времени начались работы по обновлению интерьеров. В 2002 году художником Михаилом Лутаенко была завершена роспись алтаря. Также были расписаны фасады храма, благодаря этому преобразился и внешний облик построек.