Ипатьевский монастырь – единственное место в России, где на протяжении четырех столетий, начиная с XIV века, формировался некрополь одного из самых знаменитых боярских родов – Годуновых.
Потомки основателя монастыря, мурзы Чета, в крещении Захарии, видные вельможи XIV-XVI веков с фамилиями Сабуровы, Вельяминовы-Зерновы, Шеины, Пешковы, а особенно бояре Годуновы, подобно своему родоначальнику в большинстве были люди весьма набожные и не только старались выразить свою любовь к основанной им святой обители, делая в нее вклады, нередко весьма ценные, и всячески содействуя ее благоустройству и обогащению, а некоторые даже доживали в ней последние дни своей жизни, приняв на себя обеты иночества. Многие из бояр Годуновых не желали и по смерти расстаться с родною обителью, поэтому делали завещания о своем погребении в ней. Результатом этого явились довольно обширные каменные усыпальницы представителей этого рода.
Сохранившаяся поныне усыпальница бояр Годуновых в подклете Троицкого собора, вход в которую расположен с западной стороны храма, является одной из трёх бывших некогда в монастыре годуновских усыпальниц.
Первая и вторая усыпальницы размещались в «каменной палатке» у алтаря стоявшей с юго-запада от Троицкого собора церкви Рождества Богородицы. Вплоть до начала XVII века в первой усыпальнице насчитывалось 22 погребения, в том числе основателя Ипатьевской обители Чета-Захарии, его сына и ближайших его потомков, родителей царя Бориса и царицы Ирины – Федора и Стефании, брата Бориса и Ирины – Василия и их дяди Дмитрия Ивановича Годунова.
Вторая усыпальница включала 16 погребений: в ней были захоронены представители ветви Василия Петровича Годунова, двоюродного брата Дмитрия Ивановича. Третья усыпальница под папертью Троицкого собора включала 18 погребений представителей ветви Иосифа Дмитриевича Годунова-Асанова.
Судя по сохранившейся усыпальнице Годуновых, по усыпальницам под Костромским Богоявленским монастырским храмом и другим подобным памятникам, а также по старинным описаниям Ипатьевского монастыря, можно составить довольно определенное представление о такого рода сооружениях. Это не были обыкновенные склепы для покойников, а скорее подвальные храмы со многими древними родовыми моленными образами в драгоценных окладах и горящими неугасаемыми лампадами. Они имели продолговатую форму, невысокие своды и узкие окна с железными решетками.
Могилы в усыпальнице были расположены в ряд, с небольшими промежутками между ними. Каждая могила была прикрыта каменною плитою, положенною на кирпичном основании, с вырезанным или высеченным на ней крестом и небольшой эпитафией или только краткими сведениями о почившем.
Надгробные плиты имели дорогие бархатные покровы, шитые золотом, серебром и украшенные драгоценными камнями и жемчугом. Покровы присылались или лично доставлялись в монастырь родственниками умерших иногда по несколько покровов одновременно. В ризнице Ипатьевского монастыря сохранились два таких покрова от 1592 года работы царицы Ирины Федоровны, находившиеся над могилами её отца Федора Ивановича и брата Василия Федоровича Годуновых.
В сохранившейся годуновской усыпальнице под папертью Троицкого собора пред поставленными у восточной стены резным распятием Иисуса Христа и иконами еженедельно, по пятницам, после божественной литургии, совершалась панихида с возглашением имен почивших Годуновых. Молитвы прервались только в 1919 году, когда монастырь был закрыт, а его насельники разделили трагическую судьбу русского монашества.
Устроенные при соборных храмах усыпальницы Годуновых в течение нескольких столетий оставались неприкосновенными. Но ввиду перестройки церкви Рождества Богородицы две первые усыпальницы, как препятствовавшие расширению храма, в 1756 году по распоряжению преосвященного Геннадия Андреевского (1753-1757) были упразднены, причем могилы были перекопаны и попали под фундаменты перестраиваемого храма, а кости из могил были переложены в одну общую могилу под Троицким собором.
От этих двух усыпальниц сохранились лишь две каменных колоды, из которых, судя по их размерам, одна служила гробом для большого покойника, а другая – для младенца. Колоды эти, неизвестно из каких годуновских могил, были извлечены при производстве земляных работ во время последней перестройки Богородицкой церкви в 1864 году и находятся сейчас в усыпальнице под папертью Троицкого собора.
В настоящее время усыпальница в подклете Троицкого собора продолжает именоваться «годуновской» несмотря на то, что только три надгробные плиты принадлежат представителям этого рода: Никиты Васильевича (†1622), Василия Осиповича (†1560) и младенца Тимофея Дмитриевича (†1575) Годуновых. Четыре остальные надгробные плиты установлены над захоронениями лиц других фамилий.
Рядом с входом в усыпальницу Годуновых находится огромный камень на кирпичном основании. Капитальный ремонт и реставрация Троицкого собора производились в 1911-13 годах, накануне празднования 300-летия дома Романовых. Вокруг собора был опущен грунт, цоколь был открыт и облицован белым известковым камнем. Одновременно исследован древний фундамент, который оказался выложенным из огромных булыг, без извести, на одной глине. Возможно, этот огромный камень и есть пример той самой "булыги".
